十字（交叉）路口的确是限制交通系统通行能力的关键因素，这个没什么质疑的。
单从交叉路口的角度讲，提高整个交通系统通行能力就有这么两个办法。。。
1 减少交叉路口数量
2 提高交叉路口通行质量

关于1的办法其实就是要在规划上严格遵守道路层级，尽量不要越级交叉： 作为承担城市主要通行功能的主干道不要一个路口就能拐进小区。这应该就是题主所描述的问题。这种规划的确不可取。

举个蒸面栗子。

下面这张路网规划示意图，图最下方是城市主干路（1级），主干路和居民区有且仅有一段支路（2级）相连（注意都有分隔带）。

这个路网规划的核心在于应该承担居民区进出主干路的支路，是外环形态（external ring），主要的交通流量都在居民区之外，而非穿行。这样居民区内部只有少量有进出需求的交通量，居民区内部的道路更多程度上承担了停靠和活动功能。

有关2的办法其实很多：
设立信号灯（这里得为信号灯正名，在国内大多数司机路权概念不明晰的现实下，信号灯真的太必要了）

立体交通等等